En el largometraje "Superman/Batman: Enemigos Públicos", la historia se desarrolla bajo la presidencia de Lex Luthor, quien, en su nuevo poder, decide desacreditar a los dos más grandes héroes de la Tierra: Superman y Batman. Luthor manipula el sistema para incriminar a ambos héroes en un crimen que no cometieron, alegando que planean un ataque contra los Estados Unidos.

Con estas falsas acusaciones, se desata una cacería nacional para capturar a Superman y Batman. La opinión pública y las autoridades, influenciadas por las manipulaciones de Luthor, se vuelcan contra los héroes. Incluso otros superhéroes, engañados por las pruebas fabricadas, son enviados para detenerlos.

A pesar de sus diferencias, Superman y Batman deben unir fuerzas para limpiar sus nombres y descubrir la verdadera conspiración detrás de las acusaciones. La alianza entre los dos héroes, cada uno con sus propios métodos y enfoques, es crucial para enfrentar la amenaza que representa Luthor.