"Crows II" continúa la historia donde terminó "Crows-Zero": el último curso en el instituto Suzuran se acerca a su fin para Genji y sus compañeros. Aún así, los problemas para el instituto de los Cuervos no han hecho más que empezar. Genji sigue obsesionado con vencer a Rindaman aunque todos sus intentos terminen en derrota, para alegría del grupo de Serizawa. Mientras Makise, Izaki y Chuta intentan convencer a Genji para que lo deje correr, un peligro aún mayor que Rindaman empieza a forjarse a las puertas del instituto; los alumnos del instituto Hosen, enemigo natural de Suzuran, se preparan para cumplir la venganza que llevan planeando desde hace dos años cuando Noboru Kawanishi, entonces líder de Suzuran, asesinó a Makio Bito, líder de Hosen. Genji demostró ser el más fuerte de Suzuran, pero... ¿podrá dominar a todo el instituto y erigirse como el líder que derrotará a Hosen en la nueva guerra que acaba de estallar?