Catorce años después del frustrado Tercer Impacto. Las unidades EVA 02 y 08, pilotadas por Asuka Langley Shikinami y Mari Illustrious Makinami,
serán las encargadas de realizar una misión para recuperar un contenedor cruciforme, en el que se encuentra la unidad 01, que fue sellada con Shinji Ikari en su interior después del Tercer Impacto. Pero antes de poder recuperarlo, serán atacados por la Némesis, un grupo de veloces drones, que no dejaran que esta importante misión tenga éxito.