En la década de 1960, Charles Xavier y Erik Lensherr, dos humanos con superpoderes que más tarde serían conocidos como el Profesor X y Magneto, colaboran estrechamente en la búsqueda de otros mutantes como ellos. Juntos, crean una escuela donde mutantes pueden aprender a controlar sus habilidades y usarlas para el bien común.

Sin embargo, las experiencias traumáticas pasadas de Erik, marcadas por la persecución y el sufrimiento debido a sus habilidades, lo llevan por un camino de venganza. Erik busca a un mutante ambicioso que jugó un papel en arruinar su vida, y esta búsqueda vengativa desencadena un cisma entre él y Charles. Erik, convencido de que los humanos nunca aceptarán a los mutantes y que deben imponerse para sobrevivir, aboga por una postura más radical y confrontativa.

Por otro lado, Charles mantiene la esperanza de una coexistencia pacífica entre humanos y mutantes, creyendo que la educación y la comprensión mutua pueden llevar a un futuro mejor. Esta diferencia fundamental de filosofías y métodos lleva a una ruptura dolorosa entre los dos amigos y aliados, sentando las bases para futuros conflictos entre sus respectivos grupos: los X-Men, liderados por Charles en busca de paz y cooperación, y la Hermandad de Mutantes de Erik, que aboga por la supremacía mutante a través de métodos más radicales.