En el año 2977, la humanidad vive sumida en la apatía mientras el Capitán Harlock y su tripulación en la nave Arcadia son proscritos por explorar el espacio. Ante la invasión de las Amazonas, una raza alienígena que amenaza con conquistar el universo, el gobierno terrestre se muestra incapaz de reaccionar. Solo Harlock y sus camaradas, actuando desde la marginalidad, representan la única esperanza para defender una Tierra que los tacha de criminales.