Matrix recargado. En *The Matrix Reloaded*, Neo, Trinity, y Morfeo lideran la resistencia humana mientras las máquinas están a punto de atacar Zion, la última ciudad humana. Neo sigue en su búsqueda de la verdad detrás de la Matrix y su papel como "El Elegido". Además, tiene visiones de la muerte de Trinity, lo que lo impulsa a encontrar una forma de salvarla. A lo largo de su viaje, se enfrenta a amenazas como el Agente Smith, quien ha escapado del control de la Matrix, y se encuentra con el Arquitecto, que le revela la naturaleza cíclica de la Matrix y el verdadero propósito de "El Elegido".