Años después de la partida de la Fuerza Expedicionaria Robotech, la Tierra sufre en secreto el ataque de una nueva fuerza alienígena obsesionada con tomar la fortaleza espacial. Mientras los altos mandos militares ocultan la invasión al público, el joven Mark Landry se ve arrastrado accidentalmente al centro de una inmensa conspiración. Para desenmascarar la verdad y salvar al planeta, Mark deberá enfrentarse al idolatrado coronel Andrews y aliarse con Eva —una famosa cantante que oculta su propia y enigmática identidad— antes de que una traición interna destruya las últimas defensas de la humanidad.