Más de una década después de los eventos de Avatar, Jake Sully y Neytiri han formado una familia y viven en paz en los bosques de Pandora. Sin embargo, su tranquilidad se ve truncada cuando regresan los "hombres del cielo", los humanos que intentaron colonizar Pandora en la primera película.

Esta vez, los humanos vienen con una nueva amenaza: buscan un recurso valioso que se encuentra en los océanos de Pandora. Jake y Neytiri se ven obligados a abandonar su hogar y explorar las regiones acuáticas del planeta para proteger a su familia y a su pueblo.

En su viaje, se encontrarán con nuevos clanes Na'vi que habitan en los océanos y aprenderán sobre la importancia del equilibrio entre los diferentes ecosistemas de Pandora. También descubrirán un oscuro secreto sobre el pasado de Jake que podría poner en peligro a toda la familia.