Mientras trabajan en una tubería de agua bajo tierra, los plomeros de Brooklyn, Mario y Luigi, son transportados a un mundo mágico a través de una tubería misteriosa. Tras separarse, Mario inicia una épica búsqueda para encontrar a su hermano Luigi. En su travesía, cuenta con la ayuda de Toad, un residente del Reino Champiñón, y recibe entrenamiento de la Princesa Peach, la gobernante del reino. A lo largo de su aventura, Mario descubrirá su propio poder y enfrentará desafíos en su misión por reunirse con Luigi.