Dos años después de derrotar a los Decepticons, las vidas de Sam y los Autobots han cambiado mucho. Mientras Sam se prepara para ir a la universidad, sus amigos robots se han integrado en una fuerza de élite que captura a enemigos renegados. Pero todo cambia con la llegada de un malvado enemigo que, con un enrevesado plan, planea un nuevo alzamiento de los Decepticons. La humanidad vuelve a estar en peligro, y Sam y los Autobots tendrán que formar una vez más equipo para salvarla.